【罪と罰と贖いの少女】編
隻眼の主人公「皐月 駆」は、幼馴染の「水奈瀬ゆか」とともに「虹陵館学園」で平穏な日々を送っていた。しかし、ある日を境に二人は不気味に変貌を遂げた世界に迷い込むようになる。そこはまるで無人の廃墟を思わせるような静寂と、墨を落としたような漆黒の月がかかる世界、そして真紅に染まる夜空「赤い夜」。
そこで二人は異形の存在に襲われなすすべもなく逃げまどうばかり。繰り返し繰り返し訪れる「赤い夜」にしだいに追い詰められていく二人…
そんな中で駆とゆかは、自分たちの他にも「赤い夜」の世界に迷い込んだ仲間がいることに気付く。 二人はその仲間たちとともに、他の異形とは比べ物にならない力を秘めた6人の「黒騎士」たちを相手に、命懸けの戦いを強いられていくのだった。
それぞれにとって戦う意味は違っていたが、学園生活をいっしょに送り、ともに戦っていくうちに、かけがえのない仲間を守るための戦いへと変化していく。
壮絶な戦いの果てにたどり着く「赤い夜」の真実を前に、駆たちはいかなる選択をするのか。

【虚ろなる鏡界】編
現在の科学技術と魔術の融合を図る『現代魔術師』の一人である「天見 修」は、日常の世界に身を置きつつも、自分は非日常に生きる人間だということを自覚しているため、「魔術師」であることを隠し、周囲とは表面上の付き合いのみで、ある程度、距離を置いて日々を送っていた。
そのため、クラスメイトの「吾妻汐音」に告白されても断ってしまう修だった。そのことでクラス委員長の「紅野澪」に詰問をうけてしまう。

そんなある日、友人で遊び友達の「照屋匡」から『ドッペルゲンガー』の噂をきいた修は、その調査中に、澪が人形のように美しい青い髪の少女と戦っている場面に遭遇する。しかもそこで澪が駆使していたのは、明らかに修が習得している「現代魔術」。澪の危機を見た修は自らの魔術を解放するが、少女はそれを打ち破り、姿を消した。
さらに、数日も経たないうちに驚くべき事件が起こる。青い髪の少女が転校生として「百野 栞」と名乗り、教室に姿を見せたのだ──。 綾女ヶ丘で密かに進行している連続失踪事件。利害が錯綜したまま、修たちと未知なるものとの戦いが始まろうとしていた──。